Csupán kevéssel az évad kezdete előtt hagyták jóvá Senna indulását, aki továbbra is a McLaren-Honda színeiben versenyzett.

Alain Prost számára megkönnyebbülést jelentett a Ferrarihoz való igazolás, ahol Nigel Mansell csapattársaként vette fel a küzdelmet Ayrton Sennával. A két versenyző az újabb évadban is kemény csatákat vívott a világbajnoki cím megszerzéséért. John Barnard elhagyta a csapatot, és a Benetton-Ford alakulatánál folytatta a munkát, ahol Piquet kívánta hozzásegíteni egy újabb világbajnoki cím megszerzéséhez. Barnard távozása azonban nem törte meg a csapatot, Alain Prost ötször állhatott fel a dobogó legmagasabb fokára. Ez a bravúr az 1975-ös és 1976-os évadban Niki Laudának sikerült a Ferrari volánjánál.

Senna hatszor, míg Prost ötször diadalmaskodott, miközben Gerhard Berger számára nem termett babér a McLaren volánjánál. Az osztrák pilóta bízott abban, hogy sikerül világbajnoki címet szereznie, azonban új csapatánál nem sikerült győzelmet aratnia.

Portugáliában Mansell a rajtnál leszorította Prost autóját a pályáról, mialatt a második sorból rajtoló Senna és Berger átvették a vezetést. Estoril versenypályáján a Ferrari versenyképesnek bizonyult, így Nigel Mansell megszerezte első győzelmét a szezonban, míg Prostnak meg kellett elégednie a harmadik hellyel. Prost megharagudott csapatára: "A rajt meghiúsította azon tervemet, hogy megvédjem világbajnoki címemet. De egy ilyen rosszul szervezett csapat nem is érdemli meg a bajnoki címet." – mérgelődött Prost. Gianni Agnelli ennek következtében menesztette Cesare Fioriot a csapattól. Eközben a csapatnál már megkezdődtek a tárgyalások Alessando Nannini szerződtetéséről, aki Mansell helyét vette volna át az alakulatnál. Nannini előtt nagy lehetőségek kapui nyíltak meg, aki a Japán Nagydíjat megelőzően lezuhant helikopterével. A baleset következtében a pilóta elveszítette jobb karját, amit ugyan sikerült visszavarrnia az orvosoknak, a fiatal versenyző pályafutása azonban véget ért. Nannini később a német túraautó bajnokságban egy Alfa Romeo volánjánál tért vissza a motorsport világába.

A soros iróniája, hogy Nannini balestét követően a Japán Nagydíjon a Benetton két versenyzője Nelson Piquet és az őt helyettesítő Roberto Moreno kettős győzelmet szereztek a csapat színeiben.

Jerezben Prost diadalmaskodott, ami közel négy esztendőn keresztül a Ferrari utolsó győzelme maradt. Az évad utolsó két futamát megelőzően a Senna 78:69 arányban vezetett Prost előtt. Amennyiben Prost Suzukában az első vagy második helyen Senna előtt ért volna célba, a világbajnoki cím sorsa az utolsó futamon dőlt volna el. A brazil pilótának sikerült megszereznie az első rajtkockát, akinek így a pálya piszkosabb feléről kellett indulnia. Prost ezt kihasználva a rajtnál elhaladt Senna mellett, és egy fél autóhosszal vezetett, amikor az ideális ívért folytatták csatájukat. Senna kétszáz kilométeres óránkénti sebességgel összeütközött francia vetélytársával, így mindketten a kavicságyban találták magukat. Senna ezzel egy újabb világbajnoki címmel lett gazdagabb. 

"Természetesen azonnal teljes gázt adtam, amikor láttam a szabad helyet a pályán, ám ekkor ő bezárta a kapukat. Ő maga a felelős a történetkért." – nyilatkozta a bajnok. "Ezen a helyen nem lehet előzni." – nyilatkozta Prost. "Nem láttam Sennát a visszapillantó tükörben, így nem készültem semmi támadásra. Ez szándékos volt." – folytatta. A FISA elnöke, Jean-Marie Balestre következményekkel fenyegetett. "Ez egy meglehetősen sportszerűtlen előzési manőver volt, aminek az egész világ szemtanúja lehetett. "

Egy esztendővel később Senna beismerte a szándékosságot a történések kapcsán. "Nem szívesen tettem, de ki kellett löknöm a fickót, mivel korábban sok igazságtalanságot szenvedtem el a vezetőségtől." Bernie Ecclestone meg volt győződve arról, hogy az akció sem a Formula-1-nek, sem a pilótának nem ártott. "Ő az egyik legjobb versenyző, aki az elmúlt húsz évben a Formula-1-ben versenyzett. Emellett igazi profi. Az emberek egy különleges tehetségeket akarnak látni, és jelen akarnak lenni, amikor valaki legyőzi őket. A kérdés továbbra is fenn áll: Ki tudja Sennát legyőzni?"